Spellate e affettate sottilmente le cipolle. Mettetele con poco olio in una casseruola a fondo pesante e lasciatele stufare, a fuoco moderatissimo, per circa due ore.
Le cipolle non devono assolutamente soffriggere o prendere colore quindi controllatele ogni tanto e aggiungete qualche cucchiaio di acqua se si asciugano troppo. Alla fine della cottura, aggiungete alle cipolle i filetti di acciughe spezzettati e fateli sciogliere.
Fuori dal fuoco, unitevi anche una manciata di prezzemolo tritato. Dopo aver tolto le pinne con le forbici, aprite lo stoccafisso a libro dalla parte della cavità addominale, ripulitelo completamente dalle pellicine scure raschiandolo con un coltellino e dalle spine passandolo con le dita.
Con un taglio verticale, dividete lo stoccafisso in due parti. Salate abbondantemente, grattugiatevi la noce moscata e spolveratelo di formaggio. Sistemate su ogni pezzo di pesce, per il lungo, la metà delle cipolle disponendole a striscia esattamente al centro.
Piegate in due lo stoccafisso in modo da rinchiuderlo bene intorno al ripieno di cipolle quindi tagliatelo a trance alte circa due dita. Fate lo stesso con l'altra metà quindi passate ogni trancia nella farina in modo da rivestirla completamente.
Via via che le infarinate, accomodate le trance in una casseruola pesante sistemandole in piedi cioè con la parte tagliata in alto. Calcolate bene la misura della casseruola perché le trance devono entrarci di stretta misura, ben serrate l'una all'altra. Alla fine, irrorate lo stoccafisso con il latte e con tutto l'olio.
Sistemate la casseruola dentro un'altra più grande, piena a metà d'acqua, interponendo sul fondo due assicelle che terranno leggeremente sollevata quella più piccola. Accendete la fiamma e, quando l'acqua comincia a bollire, regolatela al minimo.
Lo stoccafisso dovrà cuocere, scoperto, per circa sei ore [aggiungete acqua quando serve] e, durante cottura, non deve essere mai mescolato. Servitelo caldissimo, accompagnandolo con una morbida polenta.
Se ne avanza, conservatelo in frigorifero e scaldatelo il giorno seguente, meglio se a bagnomaria: sarà ancora migliore.